More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0030 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 316 aa  639    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  93.35 
 
 		 316 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  76.9 
 
 		 316 aa  504  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  68.33 
 
 		 299 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  68.44 
 
 		 299 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  68.11 
 
 		 299 aa  417  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  67.77 
 
 		 299 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  63.7 
 
 		 304 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  62.5 
 
 		 299 aa  358  5e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  63.46 
 
 		 317 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 308 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 308 aa  215  7e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 301 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 308 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  42.86 
 
 		 339 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 343 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 292 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 304 aa  202  7e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 308 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 300 aa  192  9e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 341 aa  186  6e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 304 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  35.19 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1006  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 317 aa  171  1e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6692  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363849  normal  0.247449 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  35.42 
 
 		 302 aa  169  7e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 330 aa  169  8e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5789  transcriptional regulator, LysR family  38.65 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.04167 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  36.66 
 
 		 330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  36.66 
 
 		 330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 		 306 aa  165  9e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2694  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 326 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 323 aa  162  7e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 297 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 327 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 317 aa  159  4e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 314 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  33.68 
 
 		 304 aa  159  8e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2650  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 310 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.36 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4612  transcriptional regulator, LysR family  35.06 
 
 		 298 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.8 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  32.77 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.6 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3219  transcriptional regulator, LysR family  36.02 
 
 		 325 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3501  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.828341  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4017  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 296 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.292779 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.76 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3881  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 297 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.27 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 317 aa  151  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.89 
 
 		 306 aa  151  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1783  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1122  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 311 aa  150  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2717  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 308 aa  150  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.624024  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.8 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 312 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 296 aa  149  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 312 aa  149  7e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 303 aa  148  9e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>