More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1887 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1887  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 303 aa  621  1e-177  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3521  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  98.34 
 
 		 303 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  71.19 
 
 		 315 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  67.77 
 
 		 313 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  67.77 
 
 		 313 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  67.77 
 
 		 313 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  66.45 
 
 		 321 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  60.93 
 
 		 307 aa  382  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0526  transcriptional regulator, LysR family  54.39 
 
 		 320 aa  309  2.9999999999999997e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 314 aa  219  3e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.93 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  37.93 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 308 aa  189  7e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 308 aa  187  3e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.71 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  38.62 
 
 		 294 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 294 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 318 aa  181  9.000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 315 aa  180  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.01 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4613  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 323 aa  179  4e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.71 
 
 		 303 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1623  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 		 317 aa  179  7e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.93 
 
 		 303 aa  178  8e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.66 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.66 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.66 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.66 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3693  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.31 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.01 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.31 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.31 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2251  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 317 aa  176  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.149084  normal  0.781815 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 299 aa  176  5e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.31 
 
 		 303 aa  176  6e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 306 aa  175  8e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3071  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  36.3 
 
 		 312 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0441412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 317 aa  172  5e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01086  transcriptional regulator  37.29 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004325  transcriptional regulator LysR family  36.75 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.19 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 290 aa  166  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.36 
 
 		 314 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3113  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  35.19 
 
 		 315 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.109681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0314  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 310 aa  165  8e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.11 
 
 		 303 aa  165  9e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1365  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.585644  normal  0.0630209 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2424  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 292 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1025  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  35.83 
 
 		 304 aa  162  6e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 317 aa  160  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2914  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 313 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.215437  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4878  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000628995  hitchhiker  0.000000000242081 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 318 aa  159  6e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 290 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>