More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004325 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_004325  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 305 aa  635    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01086  transcriptional regulator  75.41 
 
 		 306 aa  484  1e-135  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0314  LysR family transcriptional regulator  53.97 
 
 		 310 aa  332  4e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1887  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2914  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.215437  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 321 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 314 aa  166  5e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 313 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 313 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3521  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.45 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0244  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 317 aa  162  9e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0428  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1574  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.789026  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0385  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 315 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1221  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 313 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1760  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 315 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1365  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.585644  normal  0.0630209 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2982  transcriptional regulator  35.64 
 
 		 313 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2858  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 313 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.648551  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.44 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 		 303 aa  149  4e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 307 aa  149  5e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3246  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769279  normal  0.647025 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  32.36 
 
 		 323 aa  149  7e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 		 303 aa  149  7e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 		 303 aa  149  7e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1043  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0254  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1281  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514063  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2555  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1384  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.259574  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0525  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2251  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 317 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.149084  normal  0.781815 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1303  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1025  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1623  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4613  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1681  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.492921  normal  0.530506 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.21 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.88 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.35 
 
 		 314 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4969  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.82121  normal  0.0998667 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4486  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.978726 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  31.41 
 
 		 315 aa  143  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  144  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1305  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  31.83 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 290 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02274  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.51 
 
 		 311 aa  142  5e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1370  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 309 aa  142  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.260069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02235  hypothetical protein  31.51 
 
 		 311 aa  142  5e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.23 
 
 		 306 aa  142  9e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.66 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.66 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1293  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.1 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.31 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 308 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.77 
 
 		 303 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2501  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  31.19 
 
 		 311 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.987278  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4301  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 290 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.03 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  29.51 
 
 		 319 aa  139  7.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.8 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.48 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>