More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0094 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  97.32 
 
 		 299 aa  584  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  94.65 
 
 		 299 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  93.29 
 
 		 299 aa  557  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  71.33 
 
 		 316 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  67.77 
 
 		 316 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  66.11 
 
 		 316 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  63.76 
 
 		 304 aa  363  1e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  64.73 
 
 		 317 aa  348  5e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  62.2 
 
 		 299 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  44.25 
 
 		 308 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  44.25 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 308 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 308 aa  225  8e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 299 aa  222  7e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  44.76 
 
 		 339 aa  222  7e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 299 aa  222  7e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 343 aa  222  7e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 299 aa  222  7e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 301 aa  221  8e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 292 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 308 aa  215  7e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 		 304 aa  208  7e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 298 aa  208  8e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 307 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5789  transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.04167 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1006  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 317 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 341 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6692  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363849  normal  0.247449 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  35.15 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 295 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 299 aa  163  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 330 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 330 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 327 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 330 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 330 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 330 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3219  transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 		 325 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 306 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.49 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  33.79 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3881  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 308 aa  155  9e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  34.26 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2005  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 290 aa  152  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2694  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 326 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.27 
 
 		 302 aa  152  8e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 297 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.66 
 
 		 303 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.85 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  29.57 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.99 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.14 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.19 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.95 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.14 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.47 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4612  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 312 aa  149  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 303 aa  149  4e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 311 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>