More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0164 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
316 aa  639    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  93.35 
 
 
316 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  77.53 
 
 
316 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  67.11 
 
 
299 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  66.11 
 
 
299 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  66 
 
 
299 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  66.11 
 
 
299 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  62.05 
 
 
304 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  63.12 
 
 
317 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  60.47 
 
 
299 aa  350  2e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
308 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 
301 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
308 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
310 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
301 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
308 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  42.51 
 
 
339 aa  209  5e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 
299 aa  209  7e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 
299 aa  209  7e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 
301 aa  209  7e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 
343 aa  209  7e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 
299 aa  209  7e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
292 aa  206  4e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 
299 aa  205  8e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 
304 aa  199  6e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
308 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 
300 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
341 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 
298 aa  180  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
304 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
307 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  35.42 
 
 
308 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6692  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 
300 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363849  normal  0.247449 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5789  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 
301 aa  169  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.04167 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 
295 aa  168  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1006  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
317 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 
330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
305 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 
306 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
307 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
330 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
302 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 
330 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 
323 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 
299 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 
330 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2694  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
326 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
330 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  34.25 
 
 
302 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
317 aa  156  6e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
297 aa  155  8e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 
299 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
303 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
301 aa  152  5e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.48 
 
 
314 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.14 
 
 
300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
303 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
303 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 
300 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
303 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
310 aa  151  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
297 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
303 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
306 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
327 aa  150  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
300 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 
303 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2650  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
310 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
302 aa  149  6e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  32.99 
 
 
304 aa  149  7e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.6 
 
 
303 aa  149  7e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
314 aa  149  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 
303 aa  149  9e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.27 
 
 
310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 
299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  32.09 
 
 
314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4612  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 
298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2717  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.624024  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 
311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
301 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3501  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.828341  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
321 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4017  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
296 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.292779 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 
306 aa  146  6e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3219  transcriptional regulator, LysR family  33.96 
 
 
325 aa  146  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
302 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 
307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 
312 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.07 
 
 
303 aa  145  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 
311 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 
297 aa  145  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0906  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 
298 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.150508 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 
292 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
302 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 
312 aa  145  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 
303 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>