More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1327 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1327  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 314 aa  622  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.251237 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1391  transcriptional regulator, LysR family  99.36 
 
 		 314 aa  619  1e-176  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00658926  normal  0.188344 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0745  LysR family transcriptional regulator  64.82 
 
 		 320 aa  385  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528277 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  62.67 
 
 		 310 aa  364  1e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2176  LysR family transcriptional regulator  62.79 
 
 		 313 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0722015  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5901  LysR family transcriptional regulator  62.79 
 
 		 313 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00437173  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5486  LysR family transcriptional regulator  61.79 
 
 		 313 aa  361  7.0000000000000005e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2193  LysR family transcriptional regulator  62.46 
 
 		 313 aa  361  1e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2215  LysR family transcriptional regulator  61.13 
 
 		 313 aa  358  5e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2092  LysR family transcriptional regulator  61.13 
 
 		 313 aa  358  6e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1094  LysR family transcriptional regulator  62.17 
 
 		 313 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5586  LysR family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 333 aa  356  2.9999999999999997e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.861314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 320 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0112  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 320 aa  196  6e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0089776 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3294  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 321 aa  193  4e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228779  normal  0.107887 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 347 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 330 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 330 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 330 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2646  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 331 aa  182  5.0000000000000004e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.028717  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 330 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 330 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 327 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0664  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 330 aa  179  4e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0634  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0613  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 336 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0647  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0447  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  33.46 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 312 aa  150  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  34.92 
 
 		 312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 311 aa  145  7.0000000000000006e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 299 aa  142  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6145  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.506053  normal  0.493104 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 308 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 308 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0952  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 312 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.953475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 308 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 304 aa  135  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 299 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5290  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0902185 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2914  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 313 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.215437  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5893  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.372386  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3953  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 321 aa  134  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386735  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  31.42 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.01 
 
 		 315 aa  132  6.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 292 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2971  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.55 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4846  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 295 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.067999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  36.78 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3071  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  31.27 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0441412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0246  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4677  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 303 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.5 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 303 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 303 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4017  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.292779 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 303 aa  129  6e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 314 aa  129  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.5 
 
 		 306 aa  129  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 316 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 318 aa  129  7.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 307 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0997  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1259  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  31.4 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.46 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1006  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 317 aa  127  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.42 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2650  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 310 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>