More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5893 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5893  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  599  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.372386  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 312 aa  169  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 300 aa  165  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 295 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 296 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 312 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 309 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 304 aa  152  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  33.33 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 311 aa  152  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 296 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 310 aa  151  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.07 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  31.27 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 313 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 326 aa  149  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3953  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 321 aa  149  7e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386735  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 298 aa  146  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 315 aa  146  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.77 
 
 		 301 aa  145  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 299 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 298 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 306 aa  145  8.000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 317 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 298 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 308 aa  145  9e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 321 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.84 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  32.75 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5424  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 316 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.44 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.44 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.45 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.44 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.31 
 
 		 314 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 300 aa  142  9e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 311 aa  142  9e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2482  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 303 aa  142  9e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.134269  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.03 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.44 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.84 
 
 		 294 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 311 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 290 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 290 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.31 
 
 		 316 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 290 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.8 
 
 		 303 aa  139  7e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 310 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 305 aa  138  8.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1370  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.260069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>