More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1994 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 311 aa  627  1e-178  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  80.13 
 
 		 312 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6924  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.671942  normal  0.244663 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 312 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 293 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.04 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.69 
 
 		 314 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2833  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 295 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 293 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 293 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 293 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 296 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 318 aa  174  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.1 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2466  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 312 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 302 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 310 aa  172  9e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 311 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 311 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 300 aa  168  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 304 aa  168  9e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1545  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.99 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2386  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.455697  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1717  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  36.99 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0485219  hitchhiker  0.00103465 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1654  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 295 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 311 aa  166  6.9999999999999995e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 306 aa  165  9e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4878  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000628995  hitchhiker  0.000000000242081 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 327 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  35.05 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 318 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.03 
 
 		 322 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 315 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 317 aa  162  5.0000000000000005e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  38.32 
 
 		 312 aa  162  6e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.36 
 
 		 304 aa  162  6e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 290 aa  162  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 321 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 292 aa  162  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 321 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  35.17 
 
 		 294 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 300 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 334 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 294 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 290 aa  162  9e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 321 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 321 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 321 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 321 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 321 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1122  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 321 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>