More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2466 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_2466  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
305 aa  620  1e-177  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1545  LysR family substrate binding transcriptional regulator  70.14 
 
 
308 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1717  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  69.79 
 
 
308 aa  393  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0485219  hitchhiker  0.00103465 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1654  LysR family transcriptional regulator  69.79 
 
 
308 aa  394  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6924  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 
291 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.671942  normal  0.244663 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2833  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 
291 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 
311 aa  178  9e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
312 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.55 
 
 
306 aa  149  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
302 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  33.56 
 
 
302 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 
310 aa  139  4.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 
298 aa  139  4.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 
301 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
309 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
318 aa  137  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 
301 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 
308 aa  136  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
307 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.97 
 
 
303 aa  136  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 
305 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 
305 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 
305 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 
305 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 
305 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.64 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
302 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4472  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 
292 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.9 
 
 
303 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
304 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  32.64 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.79 
 
 
300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.42 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.97 
 
 
303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.56 
 
 
303 aa  133  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.87 
 
 
303 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
311 aa  132  7.999999999999999e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.67 
 
 
328 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  31.72 
 
 
304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.6 
 
 
304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.2 
 
 
303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.94 
 
 
308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  29.45 
 
 
316 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
298 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
310 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.29 
 
 
314 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.45 
 
 
303 aa  129  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 
307 aa  129  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
312 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 
301 aa  129  7.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 
305 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.72 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.56 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.72 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.41 
 
 
302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.72 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.63 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.19 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.19 
 
 
303 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
305 aa  127  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1297  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
304 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.496743  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2956  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
304 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0624764  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.19 
 
 
303 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.19 
 
 
303 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.19 
 
 
303 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.19 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.19 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1393  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
291 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.34 
 
 
310 aa  126  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
310 aa  126  5e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
294 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
294 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4331  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
291 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.279 
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  31.62 
 
 
296 aa  125  9e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
297 aa  125  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
294 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>