More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6924 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6924  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 291 aa  586  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.671942  normal  0.244663 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2833  LysR family transcriptional regulator  67.96 
 
 		 291 aa  382  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2466  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1545  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.62 
 
 		 308 aa  192  7e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1654  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 308 aa  192  7e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1717  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  38.62 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0485219  hitchhiker  0.00103465 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 312 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 311 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 317 aa  168  9e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.12 
 
 		 334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 323 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 328 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 304 aa  149  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 322 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 348 aa  149  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 328 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 309 aa  148  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 318 aa  149  8e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2555  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 330 aa  148  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 329 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1303  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 290 aa  148  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 329 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 329 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1384  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.259574  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.42 
 
 		 313 aa  146  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 300 aa  145  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0525  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1043  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0254  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1281  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514063  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 312 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 314 aa  142  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  34.26 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  32.77 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0761  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.309741  hitchhiker  0.0000750011 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 312 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 302 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 315 aa  138  7.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4486  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.978726 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2316  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  33.33 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.43543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1681  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.492921  normal  0.530506 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 305 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 290 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0995  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 307 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 290 aa  134  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5357  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000868666  normal  0.124933 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4930  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000411092  normal  0.050013 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3246  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769279  normal  0.647025 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.19 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3437  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.000000000217506  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.9 
 
 		 328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4195  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140218  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 311 aa  132  9e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.01 
 
 		 303 aa  132  9e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 292 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.67 
 
 		 318 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  32.07 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4878  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000628995  hitchhiker  0.000000000242081 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>