More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0102 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  83.45 
 
 		 302 aa  501  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  82.39 
 
 		 318 aa  503  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  83.16 
 
 		 298 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 298 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  82.25 
 
 		 298 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  81.91 
 
 		 298 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  72.01 
 
 		 303 aa  423  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  71.53 
 
 		 318 aa  415  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  72.35 
 
 		 295 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  72.7 
 
 		 297 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  60 
 
 		 295 aa  303  2.0000000000000002e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01269  transcriptional regulator  56.86 
 
 		 338 aa  267  1e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.595927  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 305 aa  198  7e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 305 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 304 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 307 aa  185  9e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  42.01 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 308 aa  182  4.0000000000000006e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 309 aa  182  7e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 315 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 316 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 294 aa  175  9e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 286 aa  172  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 288 aa  169  6e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  37.41 
 
 		 294 aa  169  7e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 288 aa  168  9e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  41.87 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 296 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.91 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 296 aa  157  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 287 aa  156  5.0000000000000005e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.32 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 307 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 307 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 311 aa  155  7e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06604  transcriptional regulator  34.34 
 
 		 288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 304 aa  149  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 299 aa  150  4e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  37.13 
 
 		 287 aa  149  4e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 312 aa  149  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.15 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.58 
 
 		 310 aa  146  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 312 aa  146  5e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2960  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 327 aa  145  6e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.26 
 
 		 307 aa  145  9e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3355  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.05325  normal  0.657667 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.88 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.46 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.11 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.73 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.11 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.11 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7231  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.112256 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.73 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.73 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.11 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.11 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.73 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.11 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.73 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.11 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>