More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0073 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  590  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  77.82 
 
 		 318 aa  442  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  76.47 
 
 		 297 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  75.25 
 
 		 295 aa  427  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  73.72 
 
 		 298 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  72.01 
 
 		 305 aa  423  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  73.81 
 
 		 298 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  74.06 
 
 		 298 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  71.43 
 
 		 318 aa  417  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  73.81 
 
 		 298 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  71.09 
 
 		 302 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  55.25 
 
 		 295 aa  280  2e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01269  transcriptional regulator  59.73 
 
 		 338 aa  256  2e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.595927  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 305 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  45.05 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 305 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 286 aa  188  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 315 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 		 294 aa  175  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.33 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.33 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  45.62 
 
 		 309 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.33 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.72 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 316 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 307 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 307 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 287 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 312 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 287 aa  159  7e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 288 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 288 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 288 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.87 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4031  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 293 aa  152  4e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.252627  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 295 aa  152  8e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 296 aa  150  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  37.83 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 296 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 296 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 320 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  34.83 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 296 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 320 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1175  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 299 aa  145  8.000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.204143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3355  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.05325  normal  0.657667 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69880  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.67 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 320 aa  144  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.51 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2960  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 327 aa  142  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  36.68 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.96 
 
 		 306 aa  142  7e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>