More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0099 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  587  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  98.32 
 
 		 298 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  93.6 
 
 		 298 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  93.27 
 
 		 298 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  82.25 
 
 		 305 aa  488  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  79.32 
 
 		 318 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  79.32 
 
 		 302 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  74.06 
 
 		 303 aa  423  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  73.04 
 
 		 318 aa  415  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  72.45 
 
 		 297 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  71.09 
 
 		 295 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  56.75 
 
 		 295 aa  283  3.0000000000000004e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01269  transcriptional regulator  60.69 
 
 		 338 aa  273  3e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.595927  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 305 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  43.84 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 307 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  45.52 
 
 		 309 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 		 294 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 		 294 aa  171  9e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 292 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.66 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 296 aa  168  8e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.54 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  36.81 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.54 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.54 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 288 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 288 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 286 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 288 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.59 
 
 		 293 aa  163  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 294 aa  162  7e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.26 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.26 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.26 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 287 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 311 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  38.37 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 287 aa  156  5.0000000000000005e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 307 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 307 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.45 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 312 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3355  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.05325  normal  0.657667 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2960  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06604  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 288 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 301 aa  145  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 318 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 295 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 295 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 316 aa  142  8e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 320 aa  139  6e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 301 aa  139  7e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0445  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 292 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4301  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.72 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0116  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5424  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.82 
 
 		 312 aa  136  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>