More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3744 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  614  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  76.47 
 
 		 315 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  65.62 
 
 		 305 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  64.58 
 
 		 304 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  65.97 
 
 		 305 aa  391  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 305 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 286 aa  290  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 307 aa  254  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  44.18 
 
 		 308 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 309 aa  238  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 288 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  41.4 
 
 		 288 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 288 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 307 aa  218  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 292 aa  218  7e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  42.18 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 307 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 307 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 307 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 288 aa  209  5e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  39.08 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  43.11 
 
 		 312 aa  204  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06604  transcriptional regulator  41.46 
 
 		 288 aa  202  5e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1106  transcriptional regulator LysR family  40.68 
 
 		 306 aa  202  7e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 296 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 294 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  36.82 
 
 		 297 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 294 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  41.63 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  37.68 
 
 		 318 aa  173  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 		 294 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.21 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.21 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.21 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.21 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  34.89 
 
 		 287 aa  170  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  35.05 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 307 aa  168  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.93 
 
 		 318 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.86 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 287 aa  166  5.9999999999999996e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  34.71 
 
 		 302 aa  165  9e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 295 aa  162  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 316 aa  162  9e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 295 aa  159  5e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 308 aa  155  9e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 311 aa  152  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1175  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 299 aa  152  8.999999999999999e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.204143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 304 aa  151  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.65 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 310 aa  145  5e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 304 aa  145  8.000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 310 aa  145  9e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  145  9e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.2 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.2 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.2 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.2 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.2 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.19 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0906  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.306914  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>