More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_2927 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  624  1e-178  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  54.23 
 
 		 294 aa  306  4.0000000000000004e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 316 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  54.26 
 
 		 294 aa  300  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 296 aa  295  7e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  48.76 
 
 		 292 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2423  transcriptional regulator, LysR family  74.44 
 
 		 193 aa  197  3e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130555  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.95 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  37.12 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 315 aa  176  5e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 286 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  38.72 
 
 		 318 aa  173  3.9999999999999995e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 287 aa  168  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 298 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  39.34 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 296 aa  165  8e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  38.6 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.74 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.63 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  40.68 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.37 
 
 		 294 aa  162  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.12 
 
 		 293 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.12 
 
 		 293 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.12 
 
 		 293 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.37 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.12 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.24 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.37 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.24 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06604  transcriptional regulator  36.14 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.24 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  160  4e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 320 aa  159  4e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 320 aa  159  6e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  37.21 
 
 		 294 aa  159  6e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 301 aa  159  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 311 aa  159  7e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 307 aa  159  8e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 295 aa  158  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 288 aa  157  3e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 311 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 288 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 287 aa  155  7e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.01 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.39 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.22 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  39.84 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.04 
 
 		 313 aa  149  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 307 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.59 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.79 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.58 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 		 321 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>