More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2452 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  96.88 
 
 		 320 aa  640    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  659    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  98.12 
 
 		 320 aa  647    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  91.92 
 
 		 297 aa  569  1e-161  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  89.83 
 
 		 295 aa  558  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  89.86 
 
 		 301 aa  559  1e-158  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  89.49 
 
 		 295 aa  557  1e-158  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  89.83 
 
 		 295 aa  558  1e-158  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  89.83 
 
 		 295 aa  558  1e-158  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 296 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  70.17 
 
 		 296 aa  443  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  70.17 
 
 		 295 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 309 aa  410  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 294 aa  205  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 294 aa  202  7e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 294 aa  202  8e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 293 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 300 aa  194  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  193  4e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 311 aa  192  8e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 316 aa  192  9e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 295 aa  189  5e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 300 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 297 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 296 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.78 
 
 		 321 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.78 
 
 		 321 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.78 
 
 		 321 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.78 
 
 		 321 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 314 aa  172  5e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 		 314 aa  172  5e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.78 
 
 		 321 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.78 
 
 		 321 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.78 
 
 		 321 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.92 
 
 		 322 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.78 
 
 		 320 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 296 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 296 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004316  transcriptional regulator LysR family  34.63 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.610995  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.29 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 		 322 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  35.97 
 
 		 302 aa  169  8e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  34.95 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 310 aa  166  2.9999999999999998e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.46 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  34.6 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 318 aa  166  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 299 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 308 aa  165  8e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0549  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0725196  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.95 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 306 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 306 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 305 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 326 aa  162  7e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 305 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 302 aa  162  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.09 
 
 		 303 aa  162  9e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  38.04 
 
 		 294 aa  162  9e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  35.93 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.69 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 308 aa  161  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 317 aa  160  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.09 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.09 
 
 		 303 aa  161  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>