More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3977 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  625  1e-178  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  65.37 
 
 		 307 aa  403  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  65.37 
 
 		 307 aa  403  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  66.34 
 
 		 307 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  65.03 
 
 		 307 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  65.03 
 
 		 307 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  55.34 
 
 		 307 aa  318  7.999999999999999e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  55.34 
 
 		 308 aa  311  9e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  58.28 
 
 		 292 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  55.66 
 
 		 309 aa  295  5e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 305 aa  254  9e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  47.74 
 
 		 286 aa  250  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  44.74 
 
 		 315 aa  249  6e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 305 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  47.59 
 
 		 305 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 304 aa  242  7e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  43.79 
 
 		 294 aa  238  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 312 aa  224  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 296 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  44.67 
 
 		 295 aa  192  5e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.86 
 
 		 318 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  44.22 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  39.26 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.72 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.72 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.19 
 
 		 293 aa  186  6e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  39.03 
 
 		 288 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  39.03 
 
 		 288 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  39.03 
 
 		 288 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  41.55 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  39.03 
 
 		 288 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1106  transcriptional regulator LysR family  38.97 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 		 294 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.71 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.71 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.71 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.71 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  42.12 
 
 		 318 aa  179  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 287 aa  176  5e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 309 aa  170  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 316 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 295 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 287 aa  169  8e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 320 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 320 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 311 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  40.15 
 
 		 294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06604  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 288 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 320 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 296 aa  159  6e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 316 aa  158  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 305 aa  156  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 302 aa  155  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 310 aa  155  9e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 301 aa  155  9e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  41.42 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.01 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 301 aa  149  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>