More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1981 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  614  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 309 aa  247  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 307 aa  246  4e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 307 aa  240  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 305 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  47.55 
 
 		 307 aa  229  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 315 aa  223  4e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 286 aa  222  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  43.11 
 
 		 294 aa  220  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 307 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 307 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  46.58 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 304 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  48.28 
 
 		 309 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 292 aa  206  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 288 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 288 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 288 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  38.1 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1106  transcriptional regulator LysR family  37.59 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 294 aa  175  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 287 aa  173  3.9999999999999995e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  41.18 
 
 		 318 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.45 
 
 		 293 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.45 
 
 		 293 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.45 
 
 		 293 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.39 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 316 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  41.24 
 
 		 295 aa  168  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.45 
 
 		 293 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.21 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  41.69 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.06 
 
 		 294 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.72 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.72 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.72 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 287 aa  166  4e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 295 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  41.96 
 
 		 302 aa  165  8e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  40.36 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.83 
 
 		 318 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  38.83 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  39.21 
 
 		 311 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 302 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06604  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 305 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 300 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 311 aa  149  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 320 aa  144  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 301 aa  143  5e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  142  5e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2422  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0409685 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  142  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2960  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 327 aa  142  8e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2145  LysR substrate-binding  38.97 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.46623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 296 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4988  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 399 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1175  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 299 aa  139  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.204143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2105  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.289933 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>