More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2960 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2960  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 327 aa  657    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 311 aa  205  9e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 298 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 301 aa  169  8e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 309 aa  164  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  36.48 
 
 		 302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 287 aa  160  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.81 
 
 		 318 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  40.07 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.63 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 315 aa  159  7e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1175  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.204143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 292 aa  159  8e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 288 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 286 aa  157  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 288 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 288 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.55 
 
 		 305 aa  156  6e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 305 aa  156  6e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.55 
 
 		 305 aa  156  6e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.55 
 
 		 305 aa  156  6e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.55 
 
 		 305 aa  156  6e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.55 
 
 		 305 aa  156  6e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.55 
 
 		 305 aa  156  6e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.55 
 
 		 305 aa  156  6e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 		 307 aa  155  6e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.55 
 
 		 305 aa  156  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  40.85 
 
 		 309 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 320 aa  155  9e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 320 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 295 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.55 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.55 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.55 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.55 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.55 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  40.39 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  38.83 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  37.74 
 
 		 318 aa  154  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 295 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.67 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 294 aa  153  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  37.36 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  37.28 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 296 aa  152  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.31 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  150  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.89 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.89 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.89 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 304 aa  149  9e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.89 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 312 aa  148  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  36.28 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.39 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  31.85 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 310 aa  146  4.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3359  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 296 aa  146  6e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 311 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 303 aa  146  6e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>