More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1845 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 316 aa  332  5e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 294 aa  291  8e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  48.76 
 
 		 308 aa  271  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  46.83 
 
 		 296 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  44.95 
 
 		 294 aa  243  3e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  36.95 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.3 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  38.49 
 
 		 295 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  38.7 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 309 aa  172  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 304 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  36.27 
 
 		 318 aa  168  9e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  39.22 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 288 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.32 
 
 		 294 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.32 
 
 		 294 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 294 aa  159  4e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.96 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 307 aa  156  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.96 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.96 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  40.08 
 
 		 309 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.8 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 288 aa  150  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 296 aa  148  9e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  33.33 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  145  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.63 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.63 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.63 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 320 aa  142  5e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06604  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 288 aa  142  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 292 aa  142  6e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 320 aa  142  6e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 295 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 287 aa  140  3e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 312 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 295 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  37.82 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  37.45 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 302 aa  135  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 310 aa  135  9e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 326 aa  133  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 310 aa  132  6.999999999999999e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2960  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 327 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01269  transcriptional regulator  37.99 
 
 		 338 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.595927  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0783  transcriptional regulator, LysR family  36.69 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.530493  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2423  transcriptional regulator, LysR family  56.67 
 
 		 193 aa  129  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130555  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0854  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 297 aa  126  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>