More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_01269 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_01269  transcriptional regulator  100 
 
 		 338 aa  666    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.595927  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  60.69 
 
 		 298 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  56.86 
 
 		 318 aa  322  7e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 		 298 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  56.39 
 
 		 305 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 298 aa  318  7e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 298 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  57.47 
 
 		 318 aa  309  5e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  59.73 
 
 		 303 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  55.29 
 
 		 302 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  58.31 
 
 		 297 aa  301  9e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  58.16 
 
 		 295 aa  296  3e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  58.28 
 
 		 295 aa  277  2e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 307 aa  182  9.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 308 aa  180  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  43.24 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 309 aa  169  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 292 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 315 aa  169  7e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 293 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 286 aa  162  9e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.98 
 
 		 294 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  39.3 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 292 aa  161  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 294 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 316 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 294 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 294 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.63 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 		 309 aa  156  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 288 aa  155  6e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  34.72 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 307 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 288 aa  153  5e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 288 aa  153  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.16 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 307 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 307 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 316 aa  149  8e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.68 
 
 		 306 aa  149  8e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 287 aa  149  9e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6066  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1672  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 331 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.324341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.57 
 
 		 307 aa  142  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  37.36 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 311 aa  142  8e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.82 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 287 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.99 
 
 		 312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4031  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.252627  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.53 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2717  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 308 aa  139  6e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.624024  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69880  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  31.19 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.02 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 318 aa  136  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.48 
 
 		 303 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.43 
 
 		 304 aa  135  7.000000000000001e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.67 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.67 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.67 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.67 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.67 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.67 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.67 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.67 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.67 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.67 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.67 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  31.67 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>