More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2479 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  646    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  46.69 
 
 		 311 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  46.51 
 
 		 311 aa  276  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  47.59 
 
 		 295 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 301 aa  251  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 296 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 296 aa  248  8e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 296 aa  248  8e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.42 
 
 		 305 aa  245  6e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 301 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 301 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.64 
 
 		 294 aa  243  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.64 
 
 		 294 aa  242  5e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.69 
 
 		 307 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.67 
 
 		 294 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.29 
 
 		 294 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.98 
 
 		 293 aa  241  1e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 295 aa  241  1e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.67 
 
 		 294 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  44.11 
 
 		 302 aa  241  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.29 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.29 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.29 
 
 		 293 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.29 
 
 		 293 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.29 
 
 		 293 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0906  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 299 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.306914  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2169  LysR family regulatory protein  38.54 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.225103  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0814  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.959289  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.75 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 320 aa  192  9e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 320 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.01 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2422  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0409685 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  36.69 
 
 		 306 aa  189  4e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 320 aa  189  5e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 		 303 aa  189  7e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2086  glycine cleavage system transcriptional activator  44.25 
 
 		 335 aa  188  9e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.606063  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 306 aa  187  3e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 301 aa  187  3e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 306 aa  186  4e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 295 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.49 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2105  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 300 aa  186  6e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.289933 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2145  LysR substrate-binding  37.54 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.46623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3007  transcriptional regulator  43.81 
 
 		 335 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.61 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  36.61 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 307 aa  182  7e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.62 
 
 		 300 aa  180  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 297 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.47 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.47 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 296 aa  179  7e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.47 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>