More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_2422 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2422  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  585  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0409685 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2145  LysR substrate-binding  97 
 
 		 300 aa  558  1e-158  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.46623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2105  transcriptional regulator, LysR family  91.67 
 
 		 300 aa  520  1e-146  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.289933 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3150  transcriptional regulator, LysR family  47.96 
 
 		 297 aa  252  6e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0906  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.306914  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2169  LysR family regulatory protein  45.83 
 
 		 299 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.225103  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0814  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 299 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.959289  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.3 
 
 		 294 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.3 
 
 		 294 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.61 
 
 		 294 aa  231  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.27 
 
 		 294 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.92 
 
 		 294 aa  228  7e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.92 
 
 		 294 aa  228  7e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.66 
 
 		 294 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 295 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.89 
 
 		 293 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.89 
 
 		 293 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.89 
 
 		 293 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.24 
 
 		 293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 302 aa  216  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.66 
 
 		 307 aa  215  8e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 295 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  41.11 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 301 aa  209  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 296 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 296 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 296 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 316 aa  192  5e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.6 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3007  transcriptional regulator  43.36 
 
 		 335 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2086  glycine cleavage system transcriptional activator  43.36 
 
 		 335 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.606063  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2338  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 295 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.232373  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 321 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 321 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 310 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4259  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.707653  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2901  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108446  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.31 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 302 aa  158  8e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 310 aa  157  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.91 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.67 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.89 
 
 		 306 aa  156  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.89 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.95 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.19 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.68 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.68 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 310 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.6 
 
 		 303 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.89 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 318 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5424  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 304 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 315 aa  148  9e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>