More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_3150 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_3150  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  603  1.0000000000000001e-171  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0906  LysR family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 299 aa  279  3e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.306914  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2169  LysR family regulatory protein  47.75 
 
 		 299 aa  278  7e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.225103  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0814  LysR family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 299 aa  278  7e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.959289  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2422  transcriptional regulator, LysR family  47.96 
 
 		 300 aa  246  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0409685 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2105  transcriptional regulator, LysR family  48.98 
 
 		 300 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.289933 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2145  LysR substrate-binding  47.28 
 
 		 300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.46623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 295 aa  196  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 295 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.64 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 294 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 305 aa  188  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 311 aa  188  9e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 311 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 301 aa  185  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 318 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2338  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.232373  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 321 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 321 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4259  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 296 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.707653  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2086  glycine cleavage system transcriptional activator  39.47 
 
 		 335 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.606063  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3007  transcriptional regulator  39.47 
 
 		 335 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2901  transcriptional regulator, LysR family  38.32 
 
 		 304 aa  152  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108446  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 310 aa  145  6e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.99 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 315 aa  143  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.41 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.44 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 		 305 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 		 305 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 		 305 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 		 305 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 		 305 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.07 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  31.54 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.07 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.38 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.38 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.07 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.07 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.03 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.2 
 
 		 306 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.76 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.76 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.76 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.07 
 
 		 303 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.07 
 
 		 303 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.07 
 
 		 303 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.07 
 
 		 303 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.76 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 303 aa  135  9e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.98 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.98 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  30.98 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.98 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.98 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.98 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.98 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.98 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.74 
 
 		 308 aa  133  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.37 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.74 
 
 		 308 aa  133  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.03 
 
 		 303 aa  132  5e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.41 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 305 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  32.34 
 
 		 305 aa  132  9e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.41 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>