More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2338 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2338  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.232373  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4259  transcriptional regulator, LysR family  87.46 
 
 		 296 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.707653  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2145  LysR substrate-binding  40.48 
 
 		 300 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.46623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2422  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0409685 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 301 aa  162  9e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3150  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 307 aa  156  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2105  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 300 aa  153  4e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.289933 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0906  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.306914  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 297 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.69 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2169  LysR family regulatory protein  30.45 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.225103  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0814  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.959289  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 311 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 293 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  34.24 
 
 		 297 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  33.67 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3007  transcriptional regulator  37.44 
 
 		 335 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2086  glycine cleavage system transcriptional activator  37.44 
 
 		 335 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.606063  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 287 aa  132  5e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 311 aa  132  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1334  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 311 aa  132  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111205 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 311 aa  131  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0572  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 311 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.220776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 295 aa  129  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.37 
 
 		 303 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3246  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769279  normal  0.647025 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4486  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.978726 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6066  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5516  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5424  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.87 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0985  transcriptional regulator AmpR  34.68 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288132  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1122  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 314 aa  126  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 290 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 290 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 290 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.21 
 
 		 303 aa  125  6e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.21 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69880  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>