More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4259 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4259  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
296 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.707653  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2338  LysR family transcriptional regulator  87.46 
 
 
295 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.232373  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3150  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 
297 aa  159  7e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0906  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
299 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.306914  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2422  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 
300 aa  156  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0409685 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2145  LysR substrate-binding  39.12 
 
 
300 aa  156  4e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.46623  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
296 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2169  LysR family regulatory protein  32.18 
 
 
299 aa  155  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.225103  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0814  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
299 aa  155  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.959289  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
295 aa  155  7e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
296 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
296 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
300 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 
307 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.03 
 
 
294 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.03 
 
 
294 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.03 
 
 
294 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.03 
 
 
294 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 
293 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 
293 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
301 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 
293 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2105  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 
300 aa  149  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.289933 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.27 
 
 
294 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 
294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.44 
 
 
293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 
294 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
312 aa  146  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
311 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
301 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 
311 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.59 
 
 
305 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
310 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
302 aa  142  9e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
318 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
321 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
321 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
310 aa  140  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
310 aa  140  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  34.35 
 
 
295 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 
302 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  35.14 
 
 
297 aa  139  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  137  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
310 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
304 aa  136  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
303 aa  136  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
303 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.12 
 
 
305 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.12 
 
 
305 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.12 
 
 
305 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.12 
 
 
305 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.12 
 
 
305 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
303 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
303 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 
287 aa  133  3.9999999999999996e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 
305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3007  transcriptional regulator  37.44 
 
 
335 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 
311 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5424  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
304 aa  132  6.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2086  glycine cleavage system transcriptional activator  37.44 
 
 
335 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.606063  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 
294 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
303 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
303 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
303 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
303 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
303 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 
300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.56 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.56 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.19 
 
 
303 aa  130  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0572  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
311 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.220776  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 
300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 
295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.65 
 
 
303 aa  129  6e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
304 aa  129  6e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 
305 aa  129  7.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
316 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.35 
 
 
310 aa  129  8.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.19 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
314 aa  126  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>