More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4194 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
302 aa  609  1e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  86.33 
 
 
302 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  84.64 
 
 
301 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  82.59 
 
 
295 aa  508  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  59.8 
 
 
295 aa  346  3e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 
301 aa  334  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 
300 aa  332  4e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 
300 aa  331  8e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  56.55 
 
 
301 aa  330  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  56.21 
 
 
296 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  56.21 
 
 
296 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  56.21 
 
 
296 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  53.31 
 
 
311 aa  315  4e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  53.67 
 
 
311 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.64 
 
 
293 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.42 
 
 
294 aa  259  3e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.96 
 
 
293 aa  259  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.96 
 
 
293 aa  259  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.96 
 
 
293 aa  259  3e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.39 
 
 
294 aa  255  8e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.73 
 
 
294 aa  254  9e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.73 
 
 
294 aa  254  9e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.39 
 
 
294 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.92 
 
 
294 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.92 
 
 
294 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.46 
 
 
305 aa  249  3e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.6 
 
 
307 aa  248  8e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 
316 aa  241  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 
321 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 
321 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 
310 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 
318 aa  231  9e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
310 aa  229  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 
297 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0906  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 
299 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.306914  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2169  LysR family regulatory protein  40.56 
 
 
299 aa  218  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.225103  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0814  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 
299 aa  218  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.959289  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.54 
 
 
306 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2145  LysR substrate-binding  42.47 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.46623  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.98 
 
 
314 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2422  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0409685 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2105  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 
300 aa  200  3e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.289933 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 
295 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
307 aa  196  6e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3150  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 
297 aa  194  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3007  transcriptional regulator  45.41 
 
 
335 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2086  glycine cleavage system transcriptional activator  45.41 
 
 
335 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.606063  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.62 
 
 
303 aa  191  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 
303 aa  191  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 
303 aa  190  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 
302 aa  190  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
308 aa  191  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.62 
 
 
303 aa  189  4e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
314 aa  189  4e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 
303 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
312 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 
303 aa  187  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35 
 
 
305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35 
 
 
305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35 
 
 
305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35 
 
 
305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
320 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35 
 
 
305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  186  4e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 
303 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 
303 aa  186  5e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 
303 aa  186  5e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2901  transcriptional regulator, LysR family  41.47 
 
 
304 aa  186  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108446  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 
303 aa  185  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
320 aa  185  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4988  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 
399 aa  185  9e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 
303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 
303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 
303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 
303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 
303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
320 aa  183  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.67 
 
 
304 aa  183  3e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 
305 aa  183  3e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.43 
 
 
303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.33 
 
 
305 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 
305 aa  182  6e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.33 
 
 
305 aa  182  6e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.33 
 
 
305 aa  182  6e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.33 
 
 
305 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.33 
 
 
305 aa  182  6e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.33 
 
 
305 aa  182  6e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.33 
 
 
305 aa  182  6e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.33 
 
 
305 aa  182  6e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 
296 aa  179  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 
305 aa  179  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.88 
 
 
306 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 
300 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34 
 
 
305 aa  178  8e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34 
 
 
305 aa  178  8e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.88 
 
 
306 aa  178  8e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>