More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_0495 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 
301 aa  620  1e-177  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  50.52 
 
 
306 aa  308  5.9999999999999995e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  50.52 
 
 
305 aa  308  8e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  50.52 
 
 
305 aa  308  8e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  50.52 
 
 
305 aa  308  8e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  50.52 
 
 
305 aa  308  8e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  50.52 
 
 
305 aa  308  8e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  48.65 
 
 
302 aa  307  2.0000000000000002e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  50.17 
 
 
304 aa  305  5.0000000000000004e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  46.98 
 
 
306 aa  302  4.0000000000000003e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.98 
 
 
306 aa  302  4.0000000000000003e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  49.48 
 
 
305 aa  301  7.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  49.48 
 
 
305 aa  301  7.000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.48 
 
 
305 aa  301  7.000000000000001e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.48 
 
 
305 aa  301  7.000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  49.48 
 
 
305 aa  301  7.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.48 
 
 
305 aa  301  7.000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.48 
 
 
305 aa  301  7.000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.48 
 
 
305 aa  301  7.000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.48 
 
 
305 aa  301  7.000000000000001e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.48 
 
 
308 aa  298  5e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.13 
 
 
305 aa  298  6e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.48 
 
 
308 aa  295  5e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  48.1 
 
 
305 aa  295  7e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  48.1 
 
 
305 aa  295  7e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  48.1 
 
 
305 aa  295  7e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.13 
 
 
307 aa  294  1e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  48.79 
 
 
307 aa  292  6e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.71 
 
 
303 aa  289  4e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.24 
 
 
303 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.02 
 
 
303 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.02 
 
 
303 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.02 
 
 
303 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.02 
 
 
303 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.02 
 
 
303 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.67 
 
 
303 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.67 
 
 
303 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.67 
 
 
303 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.67 
 
 
303 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  48.44 
 
 
300 aa  281  8.000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.9 
 
 
303 aa  281  8.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.67 
 
 
303 aa  281  1e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.88 
 
 
303 aa  281  1e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.2 
 
 
303 aa  277  1e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.6 
 
 
303 aa  271  1e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.88 
 
 
310 aa  269  4e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.44 
 
 
303 aa  263  3e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 
311 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.19 
 
 
314 aa  205  7e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 
306 aa  202  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
317 aa  199  5e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
299 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
299 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
318 aa  193  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
306 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
306 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
301 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
299 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 
301 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 
295 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 
348 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.57 
 
 
300 aa  189  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
305 aa  189  5e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 
297 aa  188  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
304 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
304 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  35.79 
 
 
308 aa  186  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0246  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
298 aa  183  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 
308 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 
308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 
323 aa  182  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
305 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
302 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
305 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
305 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
311 aa  181  9.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
311 aa  181  9.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
305 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.45 
 
 
328 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0387  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
304 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0432  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
304 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
305 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1764  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
304 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1578  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
304 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.45 
 
 
329 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3693  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
296 aa  179  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.45 
 
 
329 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.45 
 
 
329 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
327 aa  179  4e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
295 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.69 
 
 
334 aa  179  7e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 
323 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 
328 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
307 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 
328 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 
322 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>