More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1672 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_1672  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
331 aa  652    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.324341  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.52 
 
 
303 aa  229  4e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.97 
 
 
303 aa  227  2e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.97 
 
 
303 aa  227  3e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.97 
 
 
303 aa  227  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.97 
 
 
303 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.97 
 
 
303 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.97 
 
 
303 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.97 
 
 
303 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.26 
 
 
303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.62 
 
 
303 aa  225  7e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.47 
 
 
303 aa  225  9e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.63 
 
 
303 aa  225  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.03 
 
 
303 aa  225  1e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.18 
 
 
303 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.22 
 
 
303 aa  222  7e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.38 
 
 
303 aa  222  7e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.86 
 
 
310 aa  206  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.33 
 
 
302 aa  204  1e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 
306 aa  202  7e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 
304 aa  200  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.03 
 
 
303 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.13 
 
 
306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.44 
 
 
314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 
306 aa  197  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 
305 aa  195  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 
305 aa  195  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 
305 aa  195  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 
305 aa  195  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 
305 aa  195  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.59 
 
 
305 aa  194  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 
305 aa  194  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 
305 aa  194  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 
305 aa  194  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  39.59 
 
 
305 aa  194  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 
305 aa  194  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 
305 aa  194  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 
305 aa  194  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 
305 aa  194  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 
308 aa  194  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 
308 aa  193  4e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.97 
 
 
300 aa  192  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 
305 aa  192  9e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 
305 aa  192  9e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 
305 aa  192  9e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 
314 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.25 
 
 
305 aa  190  4e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 
295 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.86 
 
 
300 aa  189  5.999999999999999e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 
307 aa  187  3e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 
299 aa  186  6e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 
306 aa  186  6e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.91 
 
 
320 aa  186  6e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 
307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.91 
 
 
307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.62 
 
 
294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.58 
 
 
305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.95 
 
 
309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.28 
 
 
294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 
294 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 
313 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 
294 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 
294 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 
294 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 
294 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 
327 aa  181  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 
321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 
321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 
321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 
321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 
321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 
321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 
321 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 
301 aa  180  4e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 
303 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  40.13 
 
 
308 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.3 
 
 
334 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.27 
 
 
322 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
290 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.58 
 
 
293 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 
308 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 
307 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 
318 aa  176  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 
308 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.96 
 
 
328 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.88 
 
 
322 aa  176  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
295 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.01 
 
 
348 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
301 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 
315 aa  172  6.999999999999999e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 
317 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  41.06 
 
 
323 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
317 aa  172  7.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
300 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  34.88 
 
 
302 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.63 
 
 
329 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
316 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.63 
 
 
329 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>