More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2423 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_2423  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 193 aa  384  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130555  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  74.44 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  46.89 
 
 		 316 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  57.63 
 
 		 294 aa  140  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 292 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  48.77 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  53.85 
 
 		 294 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2251  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 317 aa  101  8e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.149084  normal  0.781815 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 314 aa  100  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1623  transcriptional regulator, LysR family  46.43 
 
 		 317 aa  100  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  45 
 
 		 287 aa  97.8  9e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6066  LysR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 326 aa  97.8  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.94 
 
 		 302 aa  97.4  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 307 aa  97.4  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 300 aa  96.7  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 300 aa  96.7  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 306 aa  95.9  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.65 
 
 		 306 aa  96.3  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  45.8 
 
 		 295 aa  95.9  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 306 aa  95.9  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 307 aa  95.5  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 301 aa  94.7  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.16 
 
 		 310 aa  94.7  7e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.01 
 
 		 304 aa  94.4  8e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 312 aa  94.4  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 296 aa  94  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 305 aa  94  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 296 aa  94  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  43.8 
 
 		 307 aa  93.2  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 309 aa  93.2  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 307 aa  93.2  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.6 
 
 		 303 aa  93.2  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.6 
 
 		 303 aa  93.2  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.6 
 
 		 303 aa  93.2  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 305 aa  92.8  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.73 
 
 		 305 aa  92.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.73 
 
 		 305 aa  92.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 304 aa  92.4  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.73 
 
 		 305 aa  92.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4071  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 301 aa  92.4  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0957932 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.73 
 
 		 305 aa  92.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 305 aa  92.8  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.73 
 
 		 305 aa  92.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  41.73 
 
 		 305 aa  92.4  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  41.73 
 
 		 305 aa  92.4  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.73 
 
 		 305 aa  92.4  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.73 
 
 		 305 aa  92.4  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.35 
 
 		 303 aa  92.4  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 296 aa  92  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.73 
 
 		 305 aa  92.4  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.73 
 
 		 305 aa  92.4  4e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  41.73 
 
 		 305 aa  92.4  4e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.73 
 
 		 305 aa  92.4  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.73 
 
 		 305 aa  92.4  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.29 
 
 		 305 aa  92  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 311 aa  92  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.29 
 
 		 305 aa  92  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.29 
 
 		 305 aa  92  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.71 
 
 		 303 aa  91.7  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 292 aa  91.7  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  39.57 
 
 		 314 aa  91.3  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2914  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 313 aa  91.3  9e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.215437  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 286 aa  91.3  9e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 307 aa  90.9  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2424  LysR family transcriptional regulator  43.07 
 
 		 322 aa  90.5  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.94 
 
 		 303 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.94 
 
 		 303 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.88 
 
 		 309 aa  90.5  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.94 
 
 		 303 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 291 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.94 
 
 		 303 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  40.46 
 
 		 292 aa  90.9  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 290 aa  90.5  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0660  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 313 aa  90.5  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.641182 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 307 aa  90.9  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.52 
 
 		 303 aa  89.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.94 
 
 		 303 aa  90.1  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 307 aa  89.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69880  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 305 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.52 
 
 		 303 aa  90.1  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.65 
 
 		 303 aa  90.1  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  43.18 
 
 		 295 aa  90.1  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  42.28 
 
 		 315 aa  90.1  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.53 
 
 		 303 aa  90.5  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.88 
 
 		 303 aa  90.1  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3246  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 300 aa  89.4  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769279  normal  0.647025 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.01 
 
 		 308 aa  89.4  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 		 303 aa  89.4  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0244  LysR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 317 aa  89.4  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.85 
 
 		 305 aa  89.4  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  43.75 
 
 		 311 aa  89  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  40.46 
 
 		 294 aa  89  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  41.96 
 
 		 305 aa  88.6  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 285 aa  88.6  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.29 
 
 		 307 aa  88.6  5e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.29 
 
 		 307 aa  88.6  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0385  LysR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 315 aa  88.2  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1760  LysR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 315 aa  88.2  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  43.09 
 
 		 309 aa  88.2  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 303 aa  88.2  6e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>