More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0660 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0660  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  626  1e-178  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.641182 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2631  LysR family transcriptional regulator  83.9 
 
 		 316 aa  486  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2952  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00119284  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2946  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2338  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152044  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2861  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.147603  normal  0.198863 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6304  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2973  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2998  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.167105  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4031  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.252627  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 317 aa  168  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 320 aa  161  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 334 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 		 321 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 312 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 348 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2901  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.69 
 
 		 329 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.69 
 
 		 329 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.69 
 
 		 329 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2665  transcription regulator protein  35.89 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.824942  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  34.64 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 328 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2495  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 296 aa  149  7e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 		 322 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.36 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0647  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 301 aa  145  6e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.05 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.05 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 328 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0418  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.302779  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.32 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1082  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 307 aa  142  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0296  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 328 aa  142  6e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  142  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0331  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.580886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.45 
 
 		 320 aa  139  6e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  35.64 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.09 
 
 		 320 aa  139  7e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 305 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0437  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0228897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.65 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 293 aa  136  5e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2925  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4195  transcriptional regulator  34.48 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140218  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 296 aa  136  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>