More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2861 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2861  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  600  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.147603  normal  0.198863 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2998  LysR family transcriptional regulator  98.69 
 
 		 306 aa  593  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.167105  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2973  LysR family transcriptional regulator  94.12 
 
 		 306 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6304  LysR family transcriptional regulator  93.79 
 
 		 306 aa  570  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2338  LysR family transcriptional regulator  92.81 
 
 		 306 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152044  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2952  LysR family transcriptional regulator  92.81 
 
 		 306 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00119284  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2946  LysR family transcriptional regulator  92.16 
 
 		 306 aa  550  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.28 
 
 		 320 aa  198  7e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43 
 
 		 321 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43 
 
 		 321 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43 
 
 		 321 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.38 
 
 		 321 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43 
 
 		 321 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43 
 
 		 321 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.28 
 
 		 322 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.27 
 
 		 309 aa  192  8e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.44 
 
 		 348 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.47 
 
 		 334 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.61 
 
 		 322 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 329 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  40.66 
 
 		 305 aa  185  7e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 329 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 329 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.4 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 328 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 311 aa  179  7e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 302 aa  179  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0660  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.641182 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 		 320 aa  176  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 320 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 311 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 		 313 aa  172  7.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2665  transcription regulator protein  37.11 
 
 		 296 aa  170  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.824942  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4031  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.252627  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.39 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 326 aa  170  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 295 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 298 aa  168  9e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2925  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 296 aa  168  9e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2631  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 316 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  38.21 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 		 303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2901  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 296 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2788  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.88 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4030  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 310 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 300 aa  165  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 309 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 308 aa  165  8e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2495  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0669  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  36.42 
 
 		 314 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  37.79 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0647  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14280  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.560719  normal  0.445591 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1265  putative transcriptional regulator  39 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.07 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 318 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38 
 
 		 300 aa  160  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 323 aa  160  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1426  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.508277 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3637  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 299 aa  159  6e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.360851 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.09 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1082  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 307 aa  158  9e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 317 aa  158  9e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0418  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.302779  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  36.72 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3953  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386735  normal  0.188606 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>