More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1082 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1082  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  625  1e-178  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0647  LysR family transcriptional regulator  86.76 
 
 		 301 aa  519  1e-146  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0418  transcriptional regulator, LysR family  80 
 
 		 306 aa  513  1e-144  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.302779  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0437  LysR family transcriptional regulator  78.16 
 
 		 299 aa  474  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0228897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0296  LysR family transcriptional regulator  75.25 
 
 		 328 aa  470  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0221  transcriptional regulator, LysR family  58.48 
 
 		 293 aa  343  2e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5797  LysR family transcriptional regulator  58.28 
 
 		 295 aa  341  1e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133299 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3308  LysR family transcriptional regulator  55.71 
 
 		 293 aa  335  7.999999999999999e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1636  transcriptional regulator, LysR family  57.44 
 
 		 293 aa  333  2e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1332  transcriptional regulator, LysR family  53.82 
 
 		 294 aa  309  4e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2788  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 296 aa  247  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2925  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2665  transcription regulator protein  44.06 
 
 		 296 aa  239  4e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.824942  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2901  transcriptional regulator, LysR family  43.71 
 
 		 296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2495  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 296 aa  233  3e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3860  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 306 aa  187  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.08 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 297 aa  179  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 		 313 aa  175  9e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.11 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.46 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.11 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2871  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0375  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1228  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.272514  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2989  transcriptional regulator  41.83 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.404761  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0416  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1564  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880758  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1751  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918707  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.85 
 
 		 323 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.85 
 
 		 328 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 		 329 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 		 329 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 		 329 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 291 aa  165  9e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 328 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.15 
 
 		 348 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 311 aa  159  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2973  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 306 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.22 
 
 		 321 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2861  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 306 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.147603  normal  0.198863 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.67 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.67 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.67 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.67 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.67 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6304  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 306 aa  157  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.67 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33840  putative transcriptional regulator  40.75 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.850535  normal  0.1847 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 318 aa  157  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2338  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 306 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152044  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2952  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 306 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00119284  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.6 
 
 		 320 aa  155  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.1 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.1 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2878  putative transcriptional regulator  40.38 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330988  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 328 aa  151  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2946  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.4 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 317 aa  149  7e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 303 aa  149  7e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.01 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.4 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2998  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.167105  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.06 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.06 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.71 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.71 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.71 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.06 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.71 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.71 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.71 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.71 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.62 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.36 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.36 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.36 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.36 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  31.36 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.36 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.36 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.36 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0669  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  31.38 
 
 		 316 aa  143  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.36 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.36 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.36 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.36 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>