More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0669 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0669  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 309 aa  630  1e-179  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4030  LysR family transcriptional regulator  89.03 
 
 		 310 aa  565  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14280  LysR family transcriptional regulator  56.95 
 
 		 298 aa  325  7e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.560719  normal  0.445591 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1265  putative transcriptional regulator  56.61 
 
 		 298 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  38.91 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 322 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 322 aa  189  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.12 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.91 
 
 		 334 aa  188  8e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.02 
 
 		 328 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.38 
 
 		 329 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.38 
 
 		 329 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.38 
 
 		 329 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 348 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.12 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2338  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152044  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2952  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00119284  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.12 
 
 		 328 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.64 
 
 		 320 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.37 
 
 		 321 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 320 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.37 
 
 		 321 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.37 
 
 		 321 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.37 
 
 		 321 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.37 
 
 		 321 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.37 
 
 		 321 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 314 aa  175  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.37 
 
 		 321 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.56 
 
 		 320 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2973  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 320 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6304  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2946  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 306 aa  167  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 317 aa  166  4e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2861  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.147603  normal  0.198863 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 317 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.43 
 
 		 314 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 305 aa  162  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.99 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  36.99 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.99 
 
 		 307 aa  159  6e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 		 307 aa  159  8e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 300 aa  159  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.79 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3637  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 299 aa  156  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.360851 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.79 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.79 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.79 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.79 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 300 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  32.44 
 
 		 316 aa  155  8e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2998  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.167105  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 300 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6772  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0747  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.27 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 301 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 301 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4195  transcriptional regulator  35.59 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140218  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 308 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 305 aa  149  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 		 310 aa  149  6e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 299 aa  149  8e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2901  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 296 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0647  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>