More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BURPS1106A_A2871 on replicon NC_009078
Organism: Burkholderia pseudomallei 1106a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009078  BURPS1106A_A2871  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  594  1e-169  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2989  transcriptional regulator  99.35 
 
 		 307 aa  592  1e-168  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.404761  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0375  LysR family transcriptional regulator  99.35 
 
 		 307 aa  592  1e-168  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1228  LysR family transcriptional regulator  99.35 
 
 		 307 aa  592  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.272514  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1751  LysR family transcriptional regulator  99.35 
 
 		 307 aa  592  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918707  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1564  LysR family transcriptional regulator  99.35 
 
 		 307 aa  592  1e-168  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880758  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0416  LysR family transcriptional regulator  99.35 
 
 		 307 aa  592  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3860  LysR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 306 aa  286  2e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33840  putative transcriptional regulator  53.8 
 
 		 306 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.850535  normal  0.1847 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2878  putative transcriptional regulator  53.29 
 
 		 306 aa  260  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330988  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2788  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2925  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2495  transcriptional regulator, LysR family  43.15 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2901  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1082  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2665  transcription regulator protein  42.86 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.824942  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0437  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0228897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0647  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0418  transcriptional regulator, LysR family  41.9 
 
 		 306 aa  175  7e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.302779  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0296  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 328 aa  171  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3308  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5797  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133299 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 322 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0221  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 293 aa  159  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 		 322 aa  155  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 		 309 aa  155  9e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1636  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 321 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 321 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 321 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 321 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 321 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 321 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 		 323 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1332  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 294 aa  152  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 321 aa  152  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 		 328 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 329 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 329 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 329 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 		 348 aa  150  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 		 328 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 317 aa  144  1e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 303 aa  142  5e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0753  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83959  normal  0.312946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.67 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.67 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.67 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.67 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.67 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 303 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 301 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.45 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.34 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.34 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.34 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 306 aa  135  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.34 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.34 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  32.34 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 311 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.34 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.34 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 303 aa  135  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.01 
 
 		 308 aa  132  5e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 314 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.54 
 
 		 313 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 301 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 305 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.68 
 
 		 304 aa  132  6.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 305 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>