More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3860 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3860  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  596  1e-169  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33840  putative transcriptional regulator  52.94 
 
 		 306 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.850535  normal  0.1847 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2878  putative transcriptional regulator  52.94 
 
 		 306 aa  268  8e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330988  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0375  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1228  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.272514  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1751  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918707  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0416  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1564  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880758  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2989  transcriptional regulator  54.36 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.404761  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2871  LysR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 307 aa  258  6e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2788  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2925  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2665  transcription regulator protein  43.1 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.824942  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2495  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2901  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1082  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 307 aa  187  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0437  LysR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0228897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0647  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0296  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 328 aa  172  5e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0418  transcriptional regulator, LysR family  39.85 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.302779  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0221  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3308  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 309 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5797  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133299 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.52 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1332  transcriptional regulator, LysR family  41.15 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 		 322 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 		 348 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1636  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 293 aa  153  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.28 
 
 		 321 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.69 
 
 		 323 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.28 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.28 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.28 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.28 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.69 
 
 		 328 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.28 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 		 321 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2973  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 306 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2861  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.147603  normal  0.198863 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.68 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2338  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152044  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2952  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00119284  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.24 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2946  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6304  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.98 
 
 		 320 aa  139  6e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.98 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.98 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.44 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 305 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 295 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  35.64 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 305 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  34.49 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4773  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.19 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2998  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.167105  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0753  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83959  normal  0.312946 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 296 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 296 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 300 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 318 aa  129  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 328 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0669  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.43 
 
 		 303 aa  126  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3693  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 296 aa  125  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  35.32 
 
 		 323 aa  125  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1345  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 317 aa  124  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>