More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0296 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0296  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  671    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0437  LysR family transcriptional regulator  87.63 
 
 		 299 aa  548  1e-155  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0228897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1082  LysR family transcriptional regulator  75.25 
 
 		 307 aa  470  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0647  LysR family transcriptional regulator  78.23 
 
 		 301 aa  467  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0418  transcriptional regulator, LysR family  76.19 
 
 		 306 aa  457  9.999999999999999e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.302779  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0221  transcriptional regulator, LysR family  59.87 
 
 		 293 aa  347  1e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3308  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 293 aa  337  1.9999999999999998e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5797  LysR family transcriptional regulator  56.15 
 
 		 295 aa  332  5e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133299 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1636  transcriptional regulator, LysR family  55.18 
 
 		 293 aa  328  7e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1332  transcriptional regulator, LysR family  52.51 
 
 		 294 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2665  transcription regulator protein  46.26 
 
 		 296 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.824942  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2901  transcriptional regulator, LysR family  45.58 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2925  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 296 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2495  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 296 aa  232  6e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2788  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 296 aa  232  8.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3860  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 		 309 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6304  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2871  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2989  transcriptional regulator  38.91 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.404761  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0375  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1564  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880758  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0416  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1228  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.272514  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1751  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918707  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2338  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152044  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2952  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00119284  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.12 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2946  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 306 aa  151  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2973  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2861  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.147603  normal  0.198863 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 291 aa  149  6e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 		 322 aa  149  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 		 322 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 334 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33840  putative transcriptional regulator  38.97 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.850535  normal  0.1847 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 314 aa  146  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 318 aa  143  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 308 aa  143  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0660  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 313 aa  142  6e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.641182 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 304 aa  142  8e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0669  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 309 aa  142  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  31.31 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2998  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 306 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.167105  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4030  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 310 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.55 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.55 
 
 		 328 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.23 
 
 		 348 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2878  putative transcriptional regulator  39.34 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330988  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4774  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.29 
 
 		 303 aa  135  8e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.29 
 
 		 303 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.65 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.65 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.65 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.65 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.65 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.35 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.42 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.97 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 		 305 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 		 305 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.65 
 
 		 321 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4031  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 293 aa  134  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.252627  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  31.97 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.29 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 		 305 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 		 305 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 		 305 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.61 
 
 		 303 aa  132  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 320 aa  133  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 328 aa  132  7.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.38 
 
 		 328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 290 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.3 
 
 		 306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.63 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.37 
 
 		 320 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>