More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1175 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1175  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  598  1e-170  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.204143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3355  LysR family transcriptional regulator  67.26 
 
 		 305 aa  357  1.9999999999999998e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.05325  normal  0.657667 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 305 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 294 aa  152  8.999999999999999e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.45 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.45 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.27 
 
 		 306 aa  148  8e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.68 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.68 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.68 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.68 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.58 
 
 		 310 aa  145  8.000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 303 aa  145  9e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 288 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 288 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 288 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  34.92 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 288 aa  142  5e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.88 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.27 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.02 
 
 		 303 aa  142  8e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.16 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.58 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.02 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.66 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2960  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 327 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  30.71 
 
 		 294 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  37.22 
 
 		 311 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  33.56 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.59 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.2 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.59 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.59 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.2 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.59 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.59 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.59 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.59 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.2 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.59 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.2 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.2 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.23 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  32.95 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.16 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  37.04 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.82 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 311 aa  136  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 307 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 307 aa  135  8e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 286 aa  134  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  34.9 
 
 		 308 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.91 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.91 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.91 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  134  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  35.37 
 
 		 295 aa  133  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.77 
 
 		 294 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  36.26 
 
 		 295 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 317 aa  132  6.999999999999999e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0878  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 336 aa  132  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2272  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 295 aa  132  9e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  normal  0.046421 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>