More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3355 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3355  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  606  9.999999999999999e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.05325  normal  0.657667 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1175  LysR family transcriptional regulator  68.33 
 
 		 299 aa  370  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.204143  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  35.37 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.02 
 
 		 318 aa  152  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  37.25 
 
 		 318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  36.95 
 
 		 297 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 294 aa  142  8e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 311 aa  142  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  36.27 
 
 		 295 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  35.79 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 304 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  37.4 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 311 aa  135  7.000000000000001e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 288 aa  135  8e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 288 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 311 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 294 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 294 aa  132  9e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 302 aa  132  9e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04893  transcriptional regulator  36.15 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  30.5 
 
 		 294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 306 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 306 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 317 aa  129  9.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 314 aa  129  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0295  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3885  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19798 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.33 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3689  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0256  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2960  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3697  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 290 aa  127  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4256  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267283 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 316 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 292 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 302 aa  125  9e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  125  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0384  transcriptional regulator, LysR family protein  33.86 
 
 		 289 aa  125  9e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4074  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 290 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 292 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4192  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.87 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4104  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3994  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2272  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  normal  0.046421 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5711  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.831574  normal  0.349345 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.21 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3359  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 292 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.93 
 
 		 303 aa  123  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>