More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3359 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3359  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  595  1e-169  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4256  LysR family transcriptional regulator  61.64 
 
 		 291 aa  346  2e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267283 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0295  LysR family transcriptional regulator  55.82 
 
 		 294 aa  331  8e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0384  transcriptional regulator, LysR family protein  58.56 
 
 		 289 aa  331  8e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3697  LysR family transcriptional regulator  55.14 
 
 		 290 aa  330  2e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3885  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 290 aa  329  3e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19798 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3689  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 290 aa  329  3e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0256  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 290 aa  329  3e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  58.9 
 
 		 289 aa  328  5.0000000000000004e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4192  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 290 aa  328  6e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4074  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 290 aa  328  7e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3994  transcriptional regulator, LysR family  55.48 
 
 		 290 aa  328  9e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4104  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 290 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0222  LysR family transcriptional regulator  58.31 
 
 		 291 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.108067 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000692  putative transcriptional regulator LysR family protein  43.49 
 
 		 294 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06568  transcriptional regulator  43.49 
 
 		 294 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1334  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111205 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3811  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 315 aa  213  3.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.79 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2670  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.38872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2509  transcriptional regulator, LysR family protein  32.88 
 
 		 292 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.54 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  37.54 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 306 aa  172  9e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3221  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.91 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.04 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1188  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.48406  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.67 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.67 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.67 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1201  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 313 aa  168  8e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  168  8e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2153  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 303 aa  166  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 303 aa  166  5e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 303 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 303 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 303 aa  165  8e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 303 aa  165  8e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 303 aa  165  8e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 303 aa  165  8e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 303 aa  165  8e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 303 aa  165  9e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4030  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.790637  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 317 aa  160  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 310 aa  159  6e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  35.67 
 
 		 308 aa  158  9e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.12 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 323 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1848  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 295 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.848008  hitchhiker  0.00384557 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.57 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 		 300 aa  155  6e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  35.43 
 
 		 308 aa  155  8e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 311 aa  153  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 290 aa  152  5e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 		 314 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1426  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.508277 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 287 aa  148  9e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.62 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 318 aa  146  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 318 aa  146  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0995  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.89 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>