More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3221 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3221  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  623  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2670  LysR family transcriptional regulator  79.45 
 
 		 303 aa  501  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.38872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4030  LysR family transcriptional regulator  74.57 
 
 		 296 aa  475  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.790637  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 289 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4256  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 291 aa  211  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267283 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0384  transcriptional regulator, LysR family protein  37.19 
 
 		 289 aa  207  1e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0295  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3697  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3885  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 290 aa  197  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19798 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3689  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 290 aa  197  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0256  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 290 aa  197  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4074  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 290 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4192  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 290 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4104  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 290 aa  195  6e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3994  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 290 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2509  transcriptional regulator, LysR family protein  36.36 
 
 		 292 aa  186  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0222  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.108067 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3359  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  170  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3811  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 315 aa  166  4e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06568  transcriptional regulator  31.93 
 
 		 294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000692  putative transcriptional regulator LysR family protein  32.29 
 
 		 294 aa  162  6e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1334  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 311 aa  151  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111205 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.45 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1201  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.52 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5424  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.79 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.31 
 
 		 303 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.85 
 
 		 303 aa  129  6e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.67 
 
 		 303 aa  129  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.46 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.81 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.46 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.46 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.98 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.86 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.07 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.46 
 
 		 303 aa  126  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2717  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 308 aa  125  6e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.624024  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 305 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 305 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 305 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 305 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 305 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 305 aa  125  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.73 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.73 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.73 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.73 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.73 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04893  transcriptional regulator  30.38 
 
 		 289 aa  124  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.73 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.73 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.73 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.67 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.07 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1546  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0468693  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.27 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 318 aa  123  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 299 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.66 
 
 		 303 aa  122  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 296 aa  122  9e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  28.81 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3159  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.789389  normal  0.0875309 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7121  transcriptional regulator LysR family  27.55 
 
 		 320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0306023  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.11 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.14 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0171  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 326 aa  119  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.231188 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.4 
 
 		 303 aa  119  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 299 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.87 
 
 		 305 aa  119  7e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.87 
 
 		 305 aa  119  7e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.87 
 
 		 305 aa  119  7e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  28.76 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 310 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.47 
 
 		 294 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.22 
 
 		 294 aa  118  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 297 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  27.55 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.47 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.47 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.47 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>