More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_4030 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_4030  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  619  1e-176  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.790637  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2670  LysR family transcriptional regulator  76.63 
 
 		 303 aa  481  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.38872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3221  LysR family transcriptional regulator  74.57 
 
 		 298 aa  475  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 289 aa  205  7e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0384  transcriptional regulator, LysR family protein  37.46 
 
 		 289 aa  205  8e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4256  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3885  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 290 aa  187  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19798 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3689  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 290 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0256  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 290 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4192  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 290 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0222  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 291 aa  186  5e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.108067 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3697  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 290 aa  185  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0295  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4074  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 290 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3994  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4104  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2509  transcriptional regulator, LysR family protein  35.46 
 
 		 292 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3359  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3811  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000692  putative transcriptional regulator LysR family protein  30.95 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1334  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 311 aa  152  8.999999999999999e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111205 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06568  transcriptional regulator  30.53 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 302 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1546  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0468693  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 296 aa  126  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 341 aa  125  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1201  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  33.59 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5424  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 304 aa  124  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 295 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2694  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 326 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.62 
 
 		 301 aa  122  9e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  28.04 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.38 
 
 		 300 aa  119  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.05 
 
 		 303 aa  119  9e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.11 
 
 		 303 aa  119  9e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.9 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.9 
 
 		 308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.24 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7121  transcriptional regulator LysR family  25.41 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0306023  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.14 
 
 		 318 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4083  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 315 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0526  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.01 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.9 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 314 aa  116  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4969  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 297 aa  115  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.82121  normal  0.0998667 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 316 aa  115  7.999999999999999e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1681  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.492921  normal  0.530506 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.83 
 
 		 303 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.16 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  27.8 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3246  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769279  normal  0.647025 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.76 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.08 
 
 		 303 aa  113  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 311 aa  113  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0100  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.872592 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5220  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.329091 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 290 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6070  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.25 
 
 		 303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.55 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.17 
 
 		 303 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.17 
 
 		 303 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.17 
 
 		 303 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.17 
 
 		 303 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.76 
 
 		 303 aa  112  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.76 
 
 		 303 aa  112  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.51 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.51 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.51 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.51 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.51 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.06 
 
 		 316 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 299 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>