More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4083 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_4083  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  630  1e-179  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1546  LysR family transcriptional regulator  62.3 
 
 		 308 aa  395  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0468693  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4869  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 310 aa  257  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0265768  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 296 aa  185  8e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0258  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  46.18 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  46.18 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0308026 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6070  transcriptional regulator, LysR family  42.23 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5412  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 299 aa  177  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 297 aa  165  9e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.86 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.13 
 
 		 294 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 294 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.74 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3000  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.74 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.13 
 
 		 294 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.13 
 
 		 294 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 		 305 aa  156  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.49 
 
 		 314 aa  155  6e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.03 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 317 aa  153  4e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 300 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2722  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34 
 
 		 306 aa  152  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.15 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 305 aa  149  5e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.55 
 
 		 300 aa  149  8e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3068  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 315 aa  149  9e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.43 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.43 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.22 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.43 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.55 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.57 
 
 		 312 aa  147  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 300 aa  145  9e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4269  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 306 aa  144  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.11 
 
 		 301 aa  143  5e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 299 aa  142  7e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.77 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.77 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.77 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.77 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.77 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 299 aa  142  9e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1672  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 331 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.324341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 303 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.11 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.11 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.11 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0295  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 294 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.11 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  32.11 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.11 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.11 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.11 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.55 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3307  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 311 aa  139  3.9999999999999997e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  34.19 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>