More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3307 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3307  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  590  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4269  LysR family transcriptional regulator  82.31 
 
 		 297 aa  500  1e-140  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0733  LysR family transcriptional regulator  73.81 
 
 		 323 aa  436  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 305 aa  368  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  64.08 
 
 		 303 aa  365  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 295 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6259  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 299 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6661  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6426  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4415  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0267331 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4774  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2722  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  38.6 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0308026 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6070  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5412  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0258  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 296 aa  169  6e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 291 aa  168  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 294 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 317 aa  157  3e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3000  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6901  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 334 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 311 aa  152  8.999999999999999e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  35.05 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 300 aa  149  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.48 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.48 
 
 		 294 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 		 309 aa  149  8e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 305 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3637  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.360851 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 296 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4031  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 293 aa  146  5e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.252627  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 296 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 298 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 294 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 298 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 294 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.36 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.1 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0800  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 296 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 318 aa  142  7e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 294 aa  142  7e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4869  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 310 aa  142  8e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0265768  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 309 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  32.53 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1546  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0468693  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1636  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 328 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4083  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1672  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.324341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 304 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.46 
 
 		 329 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.68 
 
 		 323 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.46 
 
 		 329 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.68 
 
 		 328 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.46 
 
 		 329 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 310 aa  139  7e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.65 
 
 		 303 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>