More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_6259 on replicon NC_010512
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010512  Bcenmc03_6259  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6661  LysR family transcriptional regulator  99.33 
 
 		 299 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6426  LysR family transcriptional regulator  99.33 
 
 		 299 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4415  LysR family transcriptional regulator  94.63 
 
 		 299 aa  578  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0267331 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  94.63 
 
 		 299 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  91.16 
 
 		 295 aa  551  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  84.93 
 
 		 304 aa  525  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4774  LysR family transcriptional regulator  73.81 
 
 		 296 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2722  LysR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 304 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 305 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2700  LysR family transcriptional regulator  77.65 
 
 		 195 aa  297  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4269  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 297 aa  228  9e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0733  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 323 aa  220  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 303 aa  219  5e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3307  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 294 aa  219  6e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 305 aa  212  4.9999999999999996e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6901  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6070  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.76 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0258  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 293 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.76 
 
 		 294 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 		 303 aa  178  9e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5412  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.46 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 314 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 314 aa  170  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0308026 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.68 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  36.39 
 
 		 314 aa  170  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127405 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 318 aa  170  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 321 aa  169  6e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.48 
 
 		 305 aa  168  8e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 317 aa  168  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 311 aa  165  8e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.68 
 
 		 307 aa  161  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3000  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 298 aa  161  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 295 aa  157  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.56 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.56 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.33 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3007  transcriptional regulator  36 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2086  glycine cleavage system transcriptional activator  36 
 
 		 335 aa  153  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.606063  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2723  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 310 aa  152  4e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.91 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 306 aa  152  8e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 311 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 302 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 311 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>