More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_0258 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_0258  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  587  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  81.48 
 
 		 314 aa  476  1e-133  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  81.48 
 
 		 314 aa  476  1e-133  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0308026 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5412  LysR family transcriptional regulator  79.04 
 
 		 299 aa  448  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6070  transcriptional regulator, LysR family  77.66 
 
 		 299 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3000  LysR family transcriptional regulator  71.81 
 
 		 298 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  61.59 
 
 		 293 aa  355  6.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  59.04 
 
 		 296 aa  331  1e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 321 aa  319  3e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 294 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  51.22 
 
 		 297 aa  291  9e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  44.55 
 
 		 296 aa  195  9e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1546  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 308 aa  189  5.999999999999999e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0468693  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4774  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 296 aa  185  9e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4083  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4269  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6259  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6661  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6426  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2722  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4415  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0267331 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 299 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0733  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 323 aa  172  5.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3307  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6901  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 317 aa  155  5.0000000000000005e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 295 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4869  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0265768  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 311 aa  151  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4677  transcriptional regulator, LysR family  38.73 
 
 		 312 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 294 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0572  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 311 aa  149  7e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.220776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3324  transcriptional regulator LysR family  37.04 
 
 		 305 aa  148  9e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.97 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.07 
 
 		 303 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.14 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 		 303 aa  146  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2650  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 310 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 311 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  34.31 
 
 		 304 aa  145  6e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.76 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4017  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 296 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.292779 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3501  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 296 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.828341  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  37.19 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 290 aa  145  9e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 309 aa  145  9e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  36.72 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.03 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.04 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.66 
 
 		 314 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>