More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_5279 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2722  LysR family transcriptional regulator  80.33 
 
 		 304 aa  499  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 295 aa  310  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4415  LysR family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 299 aa  308  8e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0267331 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 299 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4774  LysR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 296 aa  305  6e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6661  LysR family transcriptional regulator  54.48 
 
 		 299 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6426  LysR family transcriptional regulator  54.48 
 
 		 299 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  53.98 
 
 		 304 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6259  LysR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 299 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 303 aa  219  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 305 aa  208  8e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4269  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2700  LysR family transcriptional regulator  58.38 
 
 		 195 aa  206  4e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3307  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0733  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 293 aa  185  7e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5412  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6070  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 294 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6901  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0258  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.535692 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 297 aa  175  9e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0308026 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  38.19 
 
 		 314 aa  172  5e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127405 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.44 
 
 		 303 aa  168  9e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4869  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0265768  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.04 
 
 		 303 aa  161  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  160  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  156  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  155  8e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  155  8e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 302 aa  155  9e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.04 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3000  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0844  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.546579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04893  transcriptional regulator  34.47 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4083  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 294 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 311 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  149  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 296 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 296 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2723  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 294 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 294 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 311 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 309 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 298 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 310 aa  144  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.97 
 
 		 293 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.07 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  32.18 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 310 aa  142  9e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 293 aa  142  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 293 aa  142  9e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 293 aa  142  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>