More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2615 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  61.09 
 
 		 297 aa  376  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  54.86 
 
 		 314 aa  299  3e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0308026 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  54.86 
 
 		 314 aa  299  4e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127405 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5412  LysR family transcriptional regulator  53.98 
 
 		 299 aa  294  1e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0258  transcriptional regulator, LysR family  53.82 
 
 		 298 aa  293  2e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 293 aa  290  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6070  transcriptional regulator, LysR family  52.43 
 
 		 299 aa  289  3e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 296 aa  281  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 321 aa  275  8e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3000  LysR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 298 aa  271  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2722  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4415  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 299 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0267331 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6426  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6661  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6259  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4083  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 315 aa  170  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4774  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 296 aa  169  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1546  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0468693  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4269  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  37.94 
 
 		 287 aa  167  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 303 aa  165  6.9999999999999995e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0733  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 323 aa  162  5.0000000000000005e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4869  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0265768  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3307  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 294 aa  162  9e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.31 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6901  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  35.69 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 288 aa  153  4e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 312 aa  153  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.31 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.97 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 299 aa  152  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3324  transcriptional regulator LysR family  34.56 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 303 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 303 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  36.3 
 
 		 312 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 303 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 303 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.66 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.62 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0793  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.786364  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 288 aa  151  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  34.84 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 318 aa  149  8e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0906  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 298 aa  148  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.150508 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 297 aa  148  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 298 aa  148  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 292 aa  148  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3138  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 298 aa  148  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4952  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3208  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4301  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0422  transcriptional regulator LysR family  33.79 
 
 		 314 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1188  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.48406  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5369  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927106  normal  0.182249 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0572  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.220776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4878  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000628995  hitchhiker  0.000000000242081 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.1 
 
 		 312 aa  144  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1903  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 292 aa  144  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 323 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>