More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3324 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3324  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 305 aa  619  1e-176  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4496  LysR family transcriptional regulator  51.62 
 
 		 309 aa  305  5.0000000000000004e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592927  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  54.42 
 
 		 298 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3138  transcriptional regulator, LysR family  53.74 
 
 		 298 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 295 aa  281  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 294 aa  238  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 294 aa  229  5e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2723  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0095  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 316 aa  195  9e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.937519 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1466  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 314 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 287 aa  172  7.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 317 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 321 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 321 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 321 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 321 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 321 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 321 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 285 aa  162  8.000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 321 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 312 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 305 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 290 aa  159  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.81 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 327 aa  160  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  36.73 
 
 		 312 aa  159  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 308 aa  158  9e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.19 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.19 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.19 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.19 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.19 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.19 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  38.19 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.19 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5369  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927106  normal  0.182249 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 288 aa  155  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.59 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 348 aa  153  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 307 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 329 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 329 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 329 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 294 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 293 aa  152  8.999999999999999e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 307 aa  152  8.999999999999999e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 306 aa  152  8.999999999999999e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 299 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  34.87 
 
 		 302 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.44 
 
 		 328 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 304 aa  149  5e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 311 aa  149  5e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 310 aa  149  5e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 310 aa  149  6e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 310 aa  149  7e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0258  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 298 aa  148  9e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5412  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.89 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.89 
 
 		 328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 309 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  33.56 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.02 
 
 		 315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>