More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3266 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  586  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6070  transcriptional regulator, LysR family  64.56 
 
 		 299 aa  363  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5412  LysR family transcriptional regulator  63.48 
 
 		 299 aa  360  1e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0258  transcriptional regulator, LysR family  61.59 
 
 		 298 aa  355  6.999999999999999e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  60.07 
 
 		 321 aa  345  4e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3000  LysR family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 298 aa  342  4e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  59.52 
 
 		 314 aa  340  1e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  59.52 
 
 		 314 aa  340  1e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0308026 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 296 aa  334  1e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  51.38 
 
 		 297 aa  315  4e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 294 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  42.67 
 
 		 296 aa  205  9e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4269  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 297 aa  189  5e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2722  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0733  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 323 aa  186  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 305 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6661  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6426  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6259  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4774  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4415  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 299 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0267331 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6901  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3307  transcriptional regulator, LysR family  39.07 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1546  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 308 aa  176  4e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0468693  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 311 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4869  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 310 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0265768  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 300 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.71 
 
 		 294 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.71 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.93 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4083  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.28 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.62 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 295 aa  156  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  156  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 306 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 303 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 303 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 318 aa  155  6e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 303 aa  155  6e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 303 aa  155  6e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 326 aa  155  7e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 288 aa  155  8e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 290 aa  155  9e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.59 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 311 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 312 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0572  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.220776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 323 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 310 aa  152  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.66 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.49 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10800  transcriptional regulator AmpR  35.66 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0253412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3324  transcriptional regulator LysR family  35.15 
 
 		 305 aa  152  8.999999999999999e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>